Є ще одна особливість у будові цих структур. У Зовнішніх Карпатах шар осадових порід, не піддається метаморфізму, досягає 20 км, тоді як у Внутрішніх Карпатах він ледь наближається до 5 км. Це явище пояснюється тим, що в Зовнішніх Карпатах майже повністю були відсутні магматичні процеси, а отже, і метаморфізму. Навпроти, у Внутрішніх Карпатах магматична діяльність припинялася лише на порівняно короткий час. Потужні магматичні процеси супроводжувалися принесенням тепла із глибин Землі. Це привело до кількаразового процесу регіонального метаморфізму. На ділянках найбільш інтенсивного метаморфізму осадові породи в результаті перекристалізації й ущільнення придбали фізичні властивості граніту. Таким чином, магматичне явища й метаморфізм приводили до нарощування гранітного шару у Внутрішніх Карпатах і перетворенню його у твердий масив. Відсутність цих процесів у Зовнішніх Карпатах сприяло розвитку тут рухливої шовної зони між твердими масивами - Східноєвропейською платформою й внутрішньо карпатським масивом. Ця шовна зона в Карпатах в основному й поглинала енергію розширення й стиску земної кори. Розтягання приводило до утворення прогинів і нагромадженню в них потужних осадових товщ, а стиск і зминання цих опадів - до утворення складчастих гірських систем.

Нинішній поділ Карпат на Зовнішні і Внутрішні чітко виявилося в альпійському тектоно-магматичному циклі, що почався в тріасі (понад 200 мільйонів років тому), і триває дотепер. Всі товщі гірських порід, що утворилися до цього, були сильно порушені й глибоко метаморфізовані. Після завершення попереднього альпійського герцинського циклу, наступив період відносного спокою, під час якого територія Карпат була піднята над рівнем моря, а гірський рельєф був згладжений процесами денудації. На початку мезозою (понад 200 мільйонів років тому) значна частина суши опустилася й тут виник великий морський басейн, де накопичувалися кременисто-карбонатні осади, які періодично порушувалися потужними підводними вулканічними виверженнями базальтових магм. Цей режим тривав до нижньомелового періоду (120-130 мільйонів років тому).

З епохи нижньої крейди (або трохи раніше) і до кінця палеогену (36 мільйонів років тому) на території Зовнішніх Карпат формувався глибокий прогин, у якому накопичувалися потужні товщі флішових осадів. У внутрішній частині флішового басейну відбувалися підводні виверження спилітів і кератофірів, але великої сили вони не мали. В епоху верхньої крейди потужні тектонічні рухи у Внутрішніх Карпатах сприяли впровадженню гранітних інтрузій, які прийнято називати банатитами (від назви провінції Банат у Південних Карпатах, де вони найбільше інтенсивно виявилися). Утворення усередині корових кислих магм, дуже сильно насичених газами після впровадження інтрузій, привело до грандіозних вулканічних вивержень. Вибухи досягали величезної сили й вулканічний попіл розносився на сотні кілометрів від джерела. Липаритовий вулканізм тривав близько 30 мільйонів років (верхній палеоген і міоцен). Основна частина липаритових вулканів розташовувалася на території Угорщини. На території Закарпаття вони існували в районі міста Берегова. Переломний момент у розвитку Карпат наступив на границі палеогену й неогену (25-26 мільйонів років тому). Із цього часу почали діяти сили стиску земної кори. Флішовий басейн був зім'ятий і перетворений у складчасте гірське спорудження. Цей період геологи називають інверсійним, коли дно западини, що утворить водойма, виходить з-під рівня води, становився сушею, і тут уже відбувається не нагромадження опадів, а руйнування раніше утворених порід.