У Карпатах навіть існує така легенда: подібно до білого лелеки, хотів гніздитися у селах на дахах будівель і чорний лелека. Але чорний птах сприймався жителями як недобрий знак. Зважаючи на це, жителі намагалися всіма можливими засобами вигнати небажаного гостя зі своїх дахів. Тому цей птах і до сьогодні уникає людей. Він гніздиться у відлюдних місцях у старих змішаних і листяних лісах поблизу рік, озер і боліт. Гніздо він будує на високому дереві із товстих гілок. Якщо чорного лелеку не турбувати, то він використовує своє гніздо багато років.

У травні самка відкладає від двох до п’яти яєць, які протягом 32-34 днів висиджують обидва партнери. У віці двох місяців молоді пташенята досягають розміру своїх батьків і залишають гніздо. Чорні лелеки, як і білі, відлітають взимку до Африки і зимують там у саванах.